L’eccessiva prodigalità di Carlo Lodovico di Borbone che contrasse debiti con gli Austriaci e gli Estensi, mise le casse dello Ducato di Lucca a dura prova. Fu allora che il Duca, agendo alle spalle dei Lucchesi, strinse un accordo con il Granducato di Toscana per la cessione anticipata del suo regno. Il trattato, se ripianava i debiti di Carlo Lodovico, segnava la fine dell’indipendenza del piccolo stato lucchese. L’11 ottobre 1847 il marchese Pierfrancesco Rinuccini, in nome del Granduca, officiava la cerimonia pubblica che sanciva la reversione del Ducato al Granducato di Toscana. Augusto Mancini, gran conoscitore delle alterne vicende storiche lucchesi osservava come «L’unione alla Toscana fu provvida anche nella sua anticipazione perché lo stato lucchese era ormai senza avvenire e in disfacimento» 143.
L’opinione di Mancini è avvalorata dalle memorie del Provenzali che l’8 ottobre scrive: «in generale i cittadini quantunque malconci negli ultimi momenti del cessato governo e senza speranza di più felice avvenire» rimasero «freddi, muti a tal notizia». Il popolo lucchese interpretò tale annuncio come la prova del tradimento perpetrato da Carlo Lodovico a suo danno e alla lettura del comunicato della sua abdicazione in favore di Leopoldo II «fracassava le armi e le insegne borboniche all’ingresso dei pubblici stabilimenti e amministrazioni e molte voci ingiuriose e sconcie escivano […]».
L’Istituto Maria Teresa non solo cambiava nuovamente denominazione, divenendo Istituto Maria Antonia, dal nome della seconda moglie del Granduca di Toscana, ma veniva accomunato ai conservatori toscani di matrice pietro-leopoldina, nonostante che le sue carte raccontassero una storia del tutto diversa. Ciò comportava l’applicazione del regolamento del 6 settembre 1785 e il passaggio dalle dipendenze del Ministero della Pubblica Istruzione a quello degli Affari ecclesiastici..
Nel dicembre del 1846 Vincenzo Massoni, presidente dell’Istituto Maria Teresa, moriva. Carlo Burlamacchi, uno dei consiglieri, gli subentrava ad interim, sostituito dalla nomina, nel febbraio successivo, di Vincenzo Torselli, che dovette rapportarsi con il governo granducale e, in particolare, con il prefetto Bernardo Moscheni, diretta espressione del Ministero dell’Interno, al quale era stata riunita la Soprintendenza Generale degli Studi. Intanto l’Istituto Maria Teresa, su richiesta di Teresa Guinigi, cambiava nuovamente denominazione divenendo Istituto Maria Antonia, dal nome della seconda moglie del Granduca di Toscana, Leopoldo II.
